目前江西省已经在全省范围内统一了合作医疗实施方案：
对报销比例、起付线和相关手续办理都有统一规定。方案如下：
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关于统一全省新型农村合作医疗补偿方案的
指导意见
为建立我省新型农村合作医疗（以下简称新农合）相对统一的补偿模式，规范新农合的运作与管理，特制定本指导意见。
一、基本原则
各新型农村合作医疗县（区）补偿模式的制定，坚持以收定支，保障适度，略有节余；以住院补偿为主、兼顾受益面；保持相对稳定，不断完善；充分体现互助共济，以大病统筹为主的基本原则。
二、严格住院统筹基金使用范围
住院统筹基金只能用于参合农民住院医疗费用、门诊大病（慢性病）医疗费用和孕产妇住院分娩的补偿，不得用于农民的健康体检、计划免疫、预防保健、健康教育等公共卫生服务和医疗救助等。
三、基金筹集
中央财政、省级财政、市级财政和县（区）级财政对每位参合农民每年补助资金分别为20元、14元（国定贫困县17元）、3元（国定贫困县0元）和3元，农民自缴参合经费不少于10元。
四、基金分配
新农合的基金分三个部分，即风险基金、住院统筹基金和门诊家庭账户基金（以下简称家庭账户）。
（一）风险基金。风险基金是从新农合基金中提取和新农合基金结余中划转的用于弥补新农合基金非正常超支的专项储备资金。风险基金由各县（区）每年从筹集的新农合基金总额中按3%的比例提取，基金结余较多的各县（区）也可以按结余资金的50%划入风险基金。风险基金的规模应保持在年筹资总额的10%，达到规定的规模后，不再继续提取。风险基金的管理按《江西省新型农村合作医疗试点县风险基金管理办法》（赣财社〔2004〕124号）执行。
（二）住院统筹基金。中央及地方财政对参合农民的补助资金全部纳入住院统筹基金，农民参合自缴经费不低于20%部分纳入住院统筹基金。住院统筹基金用于对参合农民住院可报费用达到起付线标准的补偿、各县（区）规定的门诊大病（慢性病）的补偿以及住院分娩的定额补偿。
（三）家庭账户。农民参合自缴经费纳入统筹基金后剩余部分为参合农民本人的家庭账户，中央及地方政府对参合农民的补助资金不得纳入家庭账户。家庭账户由家庭成员共同使用，家庭账户内的金额可一次性用完。当年结余部分可转入下一年度使用。门诊费用的补偿不得超过家庭账户资金总额。家庭账户积存资金不得充抵下一年度农民参合的自缴经费。
五、补偿模式
我省实行“门诊家庭账户补偿+住院可报费用按比例补偿+门诊大病（慢性病）补偿”模式。
六、补偿设置
（一）住院起付线
设立四级起付线，乡级定点医疗机构为100元，县级定点医疗机构为300元，县（区）外定点医疗机构为600元，县（区）外非定点医疗机构为800元，起付线不得低于100元。起付线以下为个人自付部分。年内患同一种疾病多次住院只计算一次起付线，患同一种疾病连续转院治疗，只计算其中最高级别医院的一次起付线。
（二）住院补偿比例
同级医疗机构只设立一个补偿比。乡级定点医疗机构为60%，县级定点医疗机构为50%，县（区）外定点医疗机构为40%，县（区）外非定点医疗机构为30%。各县（区）可在此基础上对县级定点医疗机构和县外医院上下浮动5%。住院补偿比例，原则上乡级定点医疗机构高于县级定点医疗机构，县级定点医疗机构高于县外医疗机构，各级住院补偿比例差要控制在10%以内。在计算参合农民的实际补偿金额时，应用可报费用减去起付线金额后，再按规定的补偿比补偿。
（三）住院补偿封顶线
住院补偿封顶线为1.5万元，以年内实际获得补偿金额累计计算。
（四）实行住院最低补偿额
参合农民住院医疗费用达到起付线后，农民的最低补偿额不少于30元，参合农民1年内多次住院，只能享受1次最低补偿额待遇。
（五）其它
1、坚持农业人口以户为单位参加新农合，在规定的收费截止日期以后，不再接纳要求参合的农民。
2、各县（区）应将部分可以在门诊治疗的大病（慢性病）纳入统筹基金补偿的范围，病种的具体选择、补偿程序及补偿标准等参照我办《关于调整试点县新型农村合作医疗实施方案的指导意见》（赣合医办字〔2004〕8号）及《关于将门诊大病（慢性病）纳入新农合统筹基金补偿范围的补偿规定》执行。
3、参合农民在县（区）内定点医疗机构就医和就近到邻县定点医疗机构住院不须办理转院手续；此外，到县（区）外就医须到县农医局办理转院手续；急诊和在外地务工参合农民患病在当地住院治疗，需在7个工作日内通知县（区）农医局，否则不给予补偿。
4、参合农民在定点医疗机构住院分娩定额补偿150元，手术产、产科并发症和合并症按住院补偿标准执行。
5、在定点医疗机构使用中药和中医传统技术治疗疾病，补偿比例同等级医疗机构比西医治疗提高10%。
6、对参加了商业保险的参合农民，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民可将住院发票原件交商业保险公司履行赔付手续，农医局使用商业保险公司注明“与原件核对一致”并加盖公章的发票复印件和赔付清单原件对参合农民进行补偿。农医局应与县（区）各商业保险公司签订合作协议，建立良好的信息互通机制，定期将发票的复印件与原件核对，确保复印件的真实性。
7、参合农民急诊在门诊检查后随即住院，当日门诊检查和治疗费用可纳入统筹基金补偿范围，在住院期间因病情需要，到上级医院进行检查，其发生的检查费用按在检查医院级别对应的补偿比例计算，并列入补偿范围。
8、统筹基金不予支付和支付部分费用的诊疗项目，按《江西省新型农村合作医疗统筹基金不予支付和支付部分费用的诊疗项目与医疗服务设施范围》执行。
七、办理补偿应携带的材料
（一）参合农民住院后应携带新农合证、住院发票、出院小结、户口本、费用清单、转院证明及当地规定所需的其他资料到指定地点办理补偿手续。
（二）参合农民在本县境内定点医疗机构门诊就诊时，应携带新农合证，定点医疗机构直接减免门医药诊费用。
（三）患门诊大病（慢性病）的参合农民在规定时间内（一般在12月份），携带新农合证、户口本、农医局颁发的门诊大病（慢性病）证明、门诊病历、门诊发票及清单到指定地点办理补偿手续。
八、补偿程序
参合农民在县（区）级定点医疗机构住院治疗，出院后在新农合补偿窗口办理补偿手续，由定点医疗机构对其发生的医药费用进行审核，按实施方案规定标准垫付应补偿的金额。在乡（镇）定点医疗机构或在县（区）外医院住院治疗，住院费用在2000元以内，由参合农民户口所在地的农医所负责对其发生的医药费用进行审核，并按实施方案规定标准将应补偿的金额支付给农民，住院医药费用在2000元以上（含2000元）或对住院资料有疑问的由农医所报农医局审核，农医所按实施方案规定标准将应补助的金额在20个工作日内支付给农民。
九、补偿方案审批程序
各新农合县（区）的补偿方案，需报市合医办初审，再由市合医办统一报省合医办复审，最终由县（区）政府审定。方案一经确定，年度内一般不宜作新的调整，方案确需要调整的，应事先征得市、省合医办同意方可实施。
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以下费用不在江西省合作医疗报销范围内：
一、不予支付费用的诊疗项目
（一）服务项目类
1、挂号费、会诊费、出诊费、远程诊疗费、家庭病床费等。
2、自请特别护理费、上门服务费、优质优先费等特需医疗服务费以及检查治疗加急费、点名手术附加费等。
3、病历工本费、疾病证明书费、微机查询与管理费、各种帐单工本费、磁卡费等。
（二）非疾病治疗项目类
1、各种美容如雀斑、粉刺、疣、痤疮、祛斑、色素沉着与脱发（含斑秃）、白发、脱痣、穿耳、鞍鼻、隆胸、单眼皮改双眼皮、按摩美容等项目。
2、各种整容、矫形（脊髓灰质炎后遗症除外）和生理缺陷治疗如割狐臭、正口吃、矫斜眼、“O”形腿、“X”形腿、屈光不正、视力矫正等手术项目。
3、糖尿病决策支持系统、睡眠呼吸监测系统、微量元素检测、骨密度测定、人体信息诊断、电脑选择最佳妊娠期、胎儿性别与胎儿发育检查等诊疗项目。
4、各种减肥、增胖、增高、健美、戒烟的诊疗项目。
5、各种预防、保健性的诊疗（除围产期保健）等项目。
6、各种医疗咨询（包括心理咨询、健康咨询、饮食咨询、疾病咨询）、各种预测（包括中风预测、健康预测、疾病预测）、各种鉴定（司法鉴定、工伤鉴定、医疗鉴定、亲子鉴定）、健康指导等项目。
（三）诊疗设备及医用材料类
1、应用正电子发射断层装置PET、电子束CT、眼科准分子激光治疗仪等大型医疗设备进行的检查治疗项目。
2、眼镜、义眼、义齿、义肢、助听器、健脑器、皮（钢）背心、钢围腰、钢头颈、胃托、肾托、阴囊托、子宫托、拐杖、轮椅、畸形鞋垫、药枕、药垫、热敷袋、压脉带、输液网、提睾带、疝气带、护膝带、人工肛袋等器具。
3、各种家用检查检测仪（器）、治疗仪（器）、理疗仪（器）、按摩器和磁疗用品等治疗器械。
4、省物价部门规定不可单独收费的一次性医用材料。
（四）治疗项目类
1、各类器官或组织移植的人类器官源或组织源及获取器官源、组织源的相关手术等。
2、除肾脏、角膜、皮肤、血管、骨、骨髓移植外的其他器官或组织移植。
3、前列腺增生微波（射频）治疗、氦氖激光血管内照射（血疗）、麻醉手术后镇痛新技术（止痛床）、内镜逆行阑尾造影术等诊疗项目。
4、镶牙、种植牙、洁牙、牙列不整矫治、黄黑牙、牙缺损、色斑牙、烤磁牙等诊疗项目。
5、气功疗法、音乐疗法、催眠疗法、磁疗法、水吧疗法、氧吧疗法、体位疗法、心理治疗法与暗示疗法（精神病人除外）、食疗法、营养疗法等辅助治疗项目。
6、各种不育（孕）症、性功能障碍的诊疗项目。
7、各地科研、教学、临床验证性的诊疗项目。
（五）其他
1、因打架、斗殴、酗酒、自伤、自残、自杀、戒毒、性传播疾病、医疗事故以及其他责任事故引发的诊疗项目。
2、出国以及出境期间所发生的一切医疗费用。
3、不遵医嘱拒不出院以及挂床住院发生的诊疗医药费用。
4、未纳入物价政策管理的诊疗项目。
二、支付部分费用的诊疗项目
（一）诊疗设备及医用材料类
1、应用γ-刀、Χ-刀、Χ-射线计算机体层摄影装置（CT）、心脏及血管造影Χ线机（含数字减影设备）、核磁共振成像装置（MRI）、单光子发射电子计算机扫描装置（SPECT）、彩色多普勒仪、医疗直线加速器、彩色B超、脑地形图等大型医疗仪器进行检查治疗、项目。
2、体外震波碎石与高压氧治疗项目。
3、省物价部门规定的可单独收费的一次性医用材料。
（二）治疗项目类
1、血液透析、腹膜透析治疗项目。
2、肾脏、角膜、皮肤、血管、骨、骨髓移植手术项目。
3、心脏起博器、人工瓣膜、人工关节、人工晶体、各种支架、各种吻合器、各种导管、埋植式给药装置等体内置换的人工器官、体内置放材料及安装或放置手术项目。
4、心脏搭桥、心导管球囊扩张、心脏射频消融等手术项目。
5、冠状动脉造影、心脏激光打孔术、肿瘤生物治疗中的T淋巴细胞回输法、肿瘤热疗法等诊疗项目。
6、各种微波、频谱、远红外线等辅助治疗项目。
三、不予支付费用的医疗服务设施范围
（一）就（转）诊交通费。
（二）空调费、取暖费、电视费、电话费、电炉费、电冰箱费、食品保温箱费和损坏公物赔偿以及水、电、气等费。
（三）陪护费、护工费、洗澡费、药浴费、消毒费、理发费、洗涤费等。
（四）门诊煎药费、中药加工费。
（五）文娱活动费、报刊杂志费、健身活动费。
（六）膳食费。
（七）鲜花与插花费。
（八）卫生餐具、脸盆、口杯、卫生纸、床单、枕套、扫床巾、尿布等一次性物品的费用。
（九）肥皂水、垃圾袋、灭蚊药器等生活用品的费用。
（十）医疗机构自行提高医疗服务设施收费标准的费用或自定的收费项目。
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需要注意的问题
一、办理相关手续并按规定收集相关票据资料
二、用药时注意合作医疗用药目录，目录外的药品是影响报销的重要因素。